Makinenin ayarlarını sıfırlayıp denediniz mi ?
D90 kullanırken AF tuşuyla alakalı bir değişiklik yapmıştım ayarları kurcalarken, deklanşöre yarım basınca değil, Canonda AF-ON tuşuna denk gelen tuşa basınca netleme yapıyordu. Mark 2'de yakınlaştırma uzaklaştırma tuşlarının yanındaki tuştan bahsediyorum, 550D'de nasıldır bilmiyorum.
Bunun dışında AF motoruyla alakalı sorun da muhtemeldir